Numerosos estudios alrededor del mundo han mostrado que los virus estomacales, las enfermedades respiratorias, las infecciones de oído , y la meningitis  son menos frecuentes en bebés amamantados. Y cuando dichas enfermedades se presentan son menos severas. 

El amamantar a tu bebé exclusivamente (es decir, sin incluir alimentos sólidos, leche de fórmula o agua ) por lo menos seis meses, parece ofrecer la mayor protección.  Un amplio estudio del Instituto Nacional de Ciencias de Salud Ambiental de Estados Unidos, mostró que los niños que son amamantados tienen un 20 por ciento menos riesgo de fallecer entre los 28 días de nacido y su primer año, que los pequeños a quienes no les dieron leche materna. Así que entre más tiempo amamantes a tu niño, menor será el riesgo.

El principal factor inmunológico que interviene aquí, es una sustancia llamada inmunoglobulina A secretora (IgA) que está presente en elevadas concentraciones en el calostro, la primera leche que tu cuerpo produce para tu bebé. (La secretora IgA está presente en concentraciones menores en la leche materna madura). Esta sustancia protege contra gérmenes invasores al formar una capa protectora en las membranas mucosas de los intestinos, nariz y garganta de tu bebé.
Tu leche materna está específicamente hecha para tu bebé. Tu cuerpo responde a los patógenos (virus y bacteria) que están en tu cuerpo y hace secretora IgA que es específica a esos patógenos, creando así una protección para tu bebé en base a cualquier cosa a la que tú estés expuesta.

La protección de la leche materna en contra de las enfermedades perdura más allá de la etapa de amamantamiento de tu bebé. Los estudios han mostrado que amamantar puede reducir el riesgo de tu hijo de desarrollar ciertos tipos de cánceres. Los científicos no saben exactamente cómo la leche materna reduce el riesgo, pero creen que los anticuerpos en la leche materna podrían estimular el sistema inmunológico de tu bebé.  Amamantar puede también ayudar a tu hijo a evitar una serie de enfermedades que aparecen más tarde, como la diabetes tipo 1 y 2, el colesterol alto y las enfermedades inflamatorias intestinales. De hecho, los bebés prematuros a quienes les dieron leche materna tienden a tener menos presión arterial alta cuando son adolescentes.
Entre los bebés que no son amamantados, los investigadores han encontrado una conexión entre la falta de amamantamiento y el desarrollo posterior de la enfermedad de Crohn y la colitis ulcerosa.
La leche materna puede proteger a tu hijo contra las alergias

Los bebés que son alimentados con leche de fórmula, que contiene leche de vaca o de soya como ingrediente principal, suelen tener más reacciones alérgicas  que los bebés que toman pecho.

Los científicos creen que los factores inmunológicos como la secretora IgA (solamente disponible en la leche materna) ayudan a prevenir reacciones alérgicas a los alimentos al proveer una capa de protección al tracto intestinal del bebé. Sin esta protección, la inflamación puede desarrollarse y la pared del intestino puede hacerse porosa. Eso permite a las proteínas no digeridas cruzar el intestino, donde pueden causar una reacción alérgica y otros problemas de salud.
Los bebés que son alimentados con leche de fórmula en lugar de leche de pecho no obtienen esa capa de protección, así que son más vulnerables a inflamaciones, alergias, y los consiguientes problemas de salud que eso representa.

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